Για την προστασία του θαλάσσιου περιβάλλοντος υπάρχει νομοθετική ρύθμιση και έχουν προβλεφθεί μέτρα για την πρόληψη και καταστολή της ρύπανσης.
Η ρύπανση της θάλασσας προέρχεται κυρίως από:
Α) διαρροές πετρελαίου προερχόμενου από προσαράξεις ή συγκρούσεις πλοίων, πλύσιμο δεξαμενών, υπολείμματα των σεντινών των πλοίων, έκχυση πετρελαίου κατά τη διάρκεια εκφορτώσεων ή ανεφοδιασμών.
Β) λύματα ή απόβλητα αποχετευτικών συστημάτων πόλεων, απόβλητα και σκουπίδια πλοίων ή σκαφών γενικά.
Η νομοθεσία είναι πολύ αυστηρή και επιβάλλει σοβαρές κυρώσεις. Έτσι οι υπαίτιοι της
ρύπανσης τιμωρούνται ποινικά, πειθαρχικά και διοικητικά. Ανεξάρτητα με την ποινική δίωξη, οι υπαίτιοι της ρύπανσης της θάλασσας τιμωρούνται με πολύ αυστηρά πρόστιμα ύστερα από απόφαση των Λιμενικών Αρχών ή και του ίδιου του Υπουργού Ναυτιλίας για εξαιρετικά σοβαρές περιπτώσεις.
Σύμφωνα με τους κανονισμούς για την προστασία του θαλάσσιου περιβάλλοντος πρέπει:
Τα σκουπίδια και τα πετρελαιοειδή κατάλοιπα ου σκάφους (π.χ. χρησιμοποιημένα λάδια, πλαστικές σακούλες, κλπ) να φυλάσσονται και να παραδίνονται στο λιμάνι.
Απαγορεύεται αυστηρά κάθε απόρριψη στη θάλασσα. Επίσης για να χρησιμοποιούνται οι χώροι υγιεινής όταν το σκάφος βρίσκεται στο λιμάνι, πρέπει να υπάρχει μία μικρή δεξαμενή συγκέντρωσης.