Στο «e-Μητρώο Πλοίων» καταχωρούνται τα ιδιωτικά πλοία αναψυχής υπό ελληνική σημαία, τα επαγγελματικά πλοία αναψυχής ανεξαρτήτως σημαίας, καθώς και τα επαγγελματικά τουριστικά ημερόπλοια. Η καταχώριση στο Μητρώο γίνεται ανά πλοίο με ευθύνη του πλοιοκτήτη, εφοπλιστή ή ιδιοκτήτη.
Οι διαδικασίες, οι όροι και οι προϋποθέσεις καθώς και κάθε αναγκαία λεπτομέρεια για την εφαρμογή του «e-Mητρώου Πλοίων» ορίζονται στην αριθ. ΠΟΛ 1209/2018 (ΦΕΚ Β΄5092/14.11.2018) Απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής. Οι συναλλασσόμενοι μπορούν να αναζητούν πληροφορίες για τη λειτουργία της εφαρμογής και την καταχώριση των πλοίων/σκαφών σε αυτή στις «Συχνές Ερωτήσεις – Απαντήσεις» καθώς και στις οδηγίες χρήσης της εφαρμογής για το ρόλο «Φορολογούμενος» που έχουν αναρτηθεί επίσης στο δικτυακό τόπο της Α.Α.ΔΕ. (www.aade.gr).